Zur Abklärung einer akuten Infektion mit SARS-CoV-2 wird ein direkter Erregernachweis durchgeführt. Hierfür wird eine Probe aus den Schleimhäuten der oberen und/oder tiefen Atemwege untersucht, da sich das Virus bei einer Infektion dort vermehrt. In der Regel wird die Probe mit einem speziellen Tupfer durch einen Abstrich von der Rachenwand oder aus dem Nasen-Rachenraum entnommen. Wenn sich Symptome der tiefen Atemwege zeigen, werden Proben auch durch Hustenauswurf, Spülungen oder die Entnahme von Sekret aus der Luftröhre gewonnen.

In einem Diagnostiklabor wird mittels Polymerase-Kettenreaktion (PCR) untersucht, ob das neuartige Coronavirus in der Probe enthalten ist. Bei der PCR wird Erbmaterial von Viren im Labor so stark vervielfältigt, dass es nachgewiesen werden kann, auch wenn es zuvor nur in geringen Mengen vorlag.